Sobesos Antik Kenti içerisinde tespit edilen ve yukarıda kısaca değinilen yapılar kadar dikkat çeken bir başka arkeolojik konteksti de mezarlar oluşturur. Mezarların buluntu yerleri Villa I ve Mezar Şapeli etrafında yoğunlaşmaktadır ve alanda bugüne kadar 102 adet mezarın tespit edildiği bilinmektedir. Mezarlar antropolojik değerlendirmeden yoksundur. Bununla birlikte mezar formları bakımından dikkat çekici bir özene sahip oldukları görülmektedir. Genel karakteristiği etrafı taşlarla çevrili ya da tüf kayaya açılmış bir sanduka ve üstünde muntazam işlenmiş tüf taşından kapak yerleştirilerek oluşturulmuştur. Bu kapakların genel formu dikdörtgen ya da üst bitimi kemer dönüşlüdür. Ayrıca bazı mezarların üzerinde haç motifleri bazılarında ise kapak üzerine açılmış yuvalara yerleştirilmiş yazıtlar da mevcuttur. Mezarların dönemsel olarak özellikle Villa I’in kiliseye çevrilmesiyle birlikte başladığı düşünülmektedir. Dolayısıyla mezarların MS 4. yy. sonrasıyla birlikte alanda yoğunlaşmaya başladığı varsayılabilir. Sobesos Antik Kenti içinde yürütülen kazılar sırasında tespit edilen bu mezarların yanı sıra Şahinefendi köyü girişinde bulunan tüf konileri içerisinde de kaya mezarlarının bulunduğu bir nekropol alanı mevcuttur. Sayıları herhangi bir araştırma yapılmadığından dolayı bilinmeyen bu mezarlar basit kemerli giriş kapıları ve kline dizaynlarıyla tipik Roma Dönemi kaya mezar geleneğini yansıtırlar. Ancak bugüne değin detaylı bir kazı ya da araştırma yapılmadığı için bu mezarlar hakkında net bir bilgi bulunmamaktadır.